Дублирующий состав «Локомотива» с 1992 года по 2000 год являлся участником Профессиональной футбольной лиги, а лучшим достижением команды было 12-е место в группе «Запад». В 2001 году был организован турнир дублирующих составов команд Премьер-Лиги, куда и перешли выступать красно-зеленые. Через несколько лет турнир был переименован в Молодежное первенство России. Железнодорожники дважды становились чемпионами первенства среди молодежных команд и один раз — серебряными призерами.

В досрочно завершившемся сезоне-2019/2020 «Локомотив» стал бронзовым призером Молодежного первенства. 

Стоит отметить, что за нынешний состав молодежки железнодорожников играют только воспитанники собственной футбольной академии. Большая часть команды в минувшем сезоне приняла участие в Юношеской Лиге УЕФА, сыграв против «Ювентуса», «Атлетико» и «Байера». Также нельзя не упомянуть игроков юношеской сборной России U-17 Александра Мухина, Льва Ушахина, Ивана Шмакова, Никиту Шаркова и Максима Петрова.

Возглавляет молодежку «Локомотива» Максим Мишаткин. Специалист долгое время работал в Академии клуба с командами нескольких возрастов. Его воспитанниками являются многие футболисты различных лиг, в том числе нынешние игроки основы «Локомотива» Роман Тугарев, Дмитрий Рыбчинский и Даниил Куликов. В июле 2019 года руководством клуба было принято решение о назначении Мишаткина на пост главного тренера команды «Локомотив» U-19.

Тренировочный матч против молодежной команды «Локомотива» состоится 29 июля в 13:00 на стадионе «Сапсан Арена». Обращаем ваше внимание на то, что встреча пройдет в закрытом режиме с соблюдением всех рекомендаций Роспотребнадзора. Текстовая трансляция матча будет доступна в нашей группе в сети ВКонтакте.